9月14日下午，在東京都內的某酒店舉行了日本自民黨總裁的選舉?，F任日本內閣官房長官菅義偉(71歲)擊敗原干事長石破茂(63歲)及政調會長岸田文雄(63歲)，當選為自民黨第26任總裁。

根據此次自民黨總裁選舉投票規則，由國會議員票及都道府縣總計票(各3票)的合計開票結果顯示，菅義偉在首次投票中獲得了377票，超過了半數以上，直接當選為自民黨新任總裁。而另外兩位候選人石破茂獲得了68票、岸田文雄獲得了89票。
 

菅義偉在當選新總裁后，將開始討論黨內干部和閣僚的人事安排。15日，將與公明黨締結聯合執政協議。在16日的臨時國會上，菅義偉將出任日本第99任首相，并成立菅內閣。
 

菅義偉于2012年12月安倍政權第2次成立時就任官房長官。作為歷時7年8個月的歷代最長政權的總管職務，一直支持著首相安倍晉三。