自民黨總裁菅義偉于9月16日在臨時國會上被選為日本第99任首相，并成立了自民、公明兩黨組成的聯合內閣。菅內閣“繼承”安倍前政權的“衣缽”，副總理兼財務大臣麻生太郎等8名前閣僚則繼續連任，同時也有職位調整以及重新入閣的情況。此次組閣突顯出了繼續前政權之“安全行駛”的態勢，當前目標仍是以新冠肺炎疫情的防控工作為首要任務，同時兼顧經濟活動。

菅首相在16日晚上的就任記者會中明確表示：“將切實繼承安倍前政權一直以來所推行的舉措，并繼續向前推進。”

除首相外的20名閣僚中，除了麻生以外，連任的還有外務大臣茂木敏充、負責疫情防控的經濟再生大臣西村康稔、公明黨出身的國土交通大臣赤羽一嘉等8人；官房長官加藤勝信等3人則進行了職位調整；首次入閣的有5位新人；女性閣僚由前內閣的3人變為2人。新內閣的平均年齡較上屆內閣成立時稍有下降，為60.4歲。
 

另外，有改革意愿的河野太郎由防衛大臣調任為行政改革擔當大臣，由此可見今后將致力于實現其提出的“打破垂直分裂行政”的改革態勢。為了實現行政數字化，首相還表明，將新設立“數字廳” 的計劃，其擔當大臣由前IT擔當大臣平井卓也負責。